Para lo del cielo:
A veces pasa porque el programa no encuentra ni un sólo punto definido.
No no sé exactamente cuál es el problema, pero se me ocurren varias soluciones.
Si has hecho la pano bien, la más sencilla sería montar a mano, en la equirectangular, el cielo que tienes: en PTgui coges la ventana de panorama editor y con el segundo icono -arriba a la izquierda- te separas esa capa y con el ratón la colocas en su sitio, trastea un poco, es fácil.
Si eso no te funciona es que la pano no la pillaste bien. También tiene solución pero es más complicada: debes formarte con las caras del cubo, una cruz, cuyo centro sea el cielo y componer esa imagen del centro de tal modo que por los 4 lados case perfectamente con las 4 de alrededor. No debes tocar ni un sólo pixel de las contiguas, monta unas lineas de referencia en PS.
Si quieres me la pasas e intento buscar la solución más adecuada porque hay más...